Členem AIFP se mohou stát farmaceutické společnosti, které mají vlastní výzkum a vývoj, uvádějí na trh nové inovativní léky a jsou ochotny se zavázat k dodržování přísných etických pravidel stanovených Etickým kodexem AIFP.
Většina inovativních farmaceutických společností asociovaných v AIFP je řádnými členy. Členem AIFP se může stát právnická osoba – farmaceutická nebo biotechnologická společnost se sídlem a místem podnikání v České republice, zabývající se, samostatně nebo prostřednictvím příslušnosti do skupiny společností, výzkumem a vývojem originálních léčivých přípravků a jejich výrobou nebo distribucí.
Méně častou formou je tzv. přidružené členství. Také přidružené členské společnosti mají právo účastnit se akcí a aktivit AIFP v pracovních skupinách a platformách. Mohou se účastnit i valné hromady, ovšem bez práva hlasovat a volit nebo být volen do orgánů AIFP. Dodržují etické principy stanovené Evropskou federací farmaceutických společností a asociací (EFPIA). Přidružené členství trvá maximálně rok. Po jeho uplynutí se společnost musí rozhodnout, zda se stát plným členem, anebo AIFP opustit. Všichni přidružení členové se však dosud rozhodli pro první možnost.